在 org-mode 中使用 Graphviz 畫關係圖

在 org-mode 中使用 Graphviz 畫關係圖

graphviz的語法：dot

Graphviz - 用指令來畫關係圖吧！

Graphviz－用指令來畫關係圖

牙齒新科技

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生物晶片(biochips) / DNA晶片(DNA chips) / DNA微陣列（DNA microarray）/ 基因晶片（gene chip）

參考 http://zh.wikipedia.org/wiki/DNA%E8%8A%AF%E7%89%87

生物晶片的諸多應用中，DNA定序只是其中一種，參見 http://en.wikipedia.org/wiki/Microfluidics

主要的學門為微流體，顯然是因為生物細胞所在的環境就是充滿著流體

控制微流體的實務稱為微流控 (Microfluidics) ，參：http://zh.wikipedia.org/wiki/%E5%BE%AE%E6%B5%81%E6%8E%A7

微流體元件的主要製程有別於半導體主流的CMOS，是一種為PDMS的製程 ，參：

http://zh.wikipedia.org/wiki/%E8%81%9A%E4%BA%8C%E7%94%B2%E5%9F%BA%E7%9F%BD%E6%B0%A7%E7%83%B7
http://www.mmmpc.com.tw/yuehyin/MagSummary.aspx?ID=465&MID=9201
http://mbl.pme.nthu.edu.tw/study/Intro/MBL_intro.php

以線蟲做為模式生物的全自動化設備已經在研發中，參
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3775957/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3107678/
http://www.chunglab.org/wp-content/uploads/2013/08/2008-Nature-Methods-Chung-Crane-Lu-Automated-on-chip-rapid-microscopy-phenotyping-and-sorting-of-C-.-elegans.pdf
http://www.pnas.org/content/108/18/7296.full
file:///C:/Users/sig/Downloads/PQY-2006-nature-optofluidic-review.pdf

為何使用線蟲?成本、時間都是重要考量，參
http://scitechvista.nsc.gov.tw/zh-tw/Articles/C/0/1/10/1/931.htm
http://zh.wikipedia.org/wiki/%E7%A7%80%E9%BA%97%E9%9A%B1%E6%A1%BF%E7%B7%9A%E8%9F%B2
http://scimonth.blogspot.tw/2010/06/blog-post_7027.html

線性代數的程式庫

參考 http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_numerical_analysis_software , http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_numerical_libraries

MATLAB

R

GNU Octave

Perl Data Language

GNU Scientific Library (GSL)

FinMath

Eigen

Math Kernel Library

線性代數教學網站推薦

線代啟示錄

本來為了重溫多連桿機構的運動學和動力學，想順便了解一下課本上的記號方式(大量的線性代數)，看到這個網站，真是驚為天人。或許之前工數學得不怎樣，只隱約記得線性變換和正交基底間有個什麼關係的…直到逛到這頁：

變換矩陣的設計

“線性變換  被任一基底的像唯一決定”

(對對對，就是這道光~~~  Jeeee...I haven't lost the touch huh?)

這句話有什麼重要呢?吼~~~它真的太重要了!!只要知道這件事，所有座標轉換的公式都不用背啦，只要畫個圖，把轉換後的座標當作行向量依序填到變換矩陣就可以了；尤拉角公式，看一看 三維空間的旋轉矩陣 ，十分鐘就懂了，真的寫得很好啊…

org mode顯示搜尋結果的特殊方式：稀疏樹

http://orgmode.org/manual/Sparse-trees.html

例如，以rna[[:nonascii:]]+ 作為條件搜尋牙醫國考的牙醫學(一)題目，可發現99年才開始有rna相關題目出現

emacs的常規表示法與PERL可能略有不同，請參考 http://ergoemacs.org/emacs/emacs_regex.html

org mode匯出為其它格式的選項設定

參考下列連結

http://orgmode.org/manual/Export-settings.html#Export-settings

在檔案開頭鍵入以下指令，選項XXX的值設為YYY

#+OPTIONS: XXX:YYY

例如，預設的標題輸出到第三層，若要到第十層，可以使用下列指令

#+OPTIONS: H:10

文件中提到M-TAb鍵可以在emacs中叫出 completion 視窗，但是大部分作業系統的 Alt-Tab 都已有其它用途，因此必需有其它方式調用。參考以下連結

http://slashusr.wordpress.com/2010/09/29/three-nifty-alternatives-to-the-m-tab-key-in-emacs-and-a-replacement/

主要是 - 或 C-[ C-i 兩種方式。我比較喜歡前者。

3D列印在醫療上的應用

下列這些文章都來自 http://www.techbang.com/ 網站

製造人體零件的技術看是漸漸成熟，接下來就是如何整合，以及在活體上如何移植這些零件。這將需要有更高度自主性、可在人體表面或內部按指令移動並執行工作的微型機器人來執行

英國科學家利用3D印表機成功複製視網膜細胞

3D 列印的「登月行動」：科學家計畫列印出完整心臟

3D 列印能製造具有生命活力的血管，還能用於藥物試驗

3D列印的完整頭骨已應用於臨床手術

幹細胞合成牛肉已經可以食用，看看 Sergey Brin 投資的新項目

人造氣管：器官移植的一小步，醫療水準的一大步

另外還有一些跟3D列印比較無關。最近看了一些lisp的文章，覺得DNA其實本質上就是一個finite state machine，只要定義了基本的操作，接下來就可以寫出無限可能的程式。但是這些轉譯出來的分子與微環境之間的互動實在太過複雜，如果要在dry lab中模擬出各分子的作用，可能還需要一段時間。另一分面，要解決老化的問題，可能也不單只是零件的替換這麼簡單的問題，已經合成出來的蛋白，如果堆積得不好，也必需要去清除或置換，而這應該是對免疫細胞作編碼，以進行設計好的凋亡或吞噬，再想辦法調集幹細胞到特定部位去生成新的細胞或胞外物質。

只要在患者身上植入程式碼，各種疑難雜症不藥而癒

利用超音波識別動脈壁上的血小板斑塊，更為準確的判斷中風

這篇"Lab-on-a-chip technologies for stem cell analysis"裏面有很多操縱單一細胞的方式的review。在晶片上利用光蝕刻可以做出各種想要的幾何形狀，而細胞的微環境是流體的狀態，所以這個晶片必需要能實作出各種微流體的機械元件。配合最近發現的STAP幹細胞，或許有機會繞過反轉錄病毒而直接使體細胞"返祖"為幹細胞，各種的應用成本可能很快就可以大幅下降。