2024年3月7日 星期四

Nature 2024 一篇CRISPR新技術簡介 Engineering self-deliverable ribonucleoproteins(RNP) for genome editing in the brain;不需病毒等載體即可在腦部進行基因編輯

( 原文在 https://www.nature.com/articles/s41467-024-45998-2 )

背景

CRISPR-Cas 技術改編自細菌免疫系統,已成為細胞和生物體基因組工程的革命性分子工具。在 RNA 成分 (sgRNA) 的引導下,Cas 蛋白利用其核酸內切活性在目標基因組位點產生雙股斷裂,誘導位點特異性 DNA 修復,進而將序列變化引入基因組。這種 RNA 引導的活性也用於引入位點特異性序列變化(鹼基編輯)和逆轉錄酶產生的序列變化(引子編輯)2。CRISPR-Cas9 基因組編輯技術已被用於治療遺傳性疾病。然而,擴大使用 CRISPR-Cas 技術作為一種療法將需要高效、安全的遞送方法來將編輯分子轉運到體內靶細胞中。特別是,將 CRISPR-Cas 複合物遞送至中樞神經系統 (CNS) 仍然是一個巨大的挑戰。目前的腦遞送方法包括顱內注射病毒載體,例如編碼Cas蛋白和相應sgRNA的腺相關病毒(AAV)。然而,病毒遞送可能具有免疫原性並誘導不必要的插入突變,且病毒載體的生產面臨製造困難。相反,CRISPR-Cas核糖核蛋白(RNP)的直接遞送(如果可用)可以避免病毒遞送系統的缺點。

進行 CRISPR 實驗時,可以由轉染或病毒方式 (Plasmid/Lentivirus) 送入 DNA,讓細胞自己表現 Cas9 蛋白和gRNA。另外一種方式是 Ribonucleoprotein (RNP) system,直接送入 Cas9 蛋白和 gRNA 進入細胞,因此為 DNAfree 系統,可避免外源 DNA 嵌入細胞染色體,降低突變機率。( 原文 https://www.omicsbio.com/userfiles/files/2020Q3-CRISPR%E5%85%A8%E7%94%A2%E5%93%81.pdf )

將 CRISPR-Cas RNP 遞送至大腦尤其令人感興趣,因為它有可能誘導基因組編輯,從而預防神經退化。非病毒遞送策略已採用不同類型的奈米顆粒來封裝 CRISPR-Cas9 或 -Cas12a RNP,例如「CRISPR-Gold」系統 、具有兩親性胜肽的奈米複合物、聚乙二醇化奈米膠囊和葡萄糖綴合的二氧化矽奈米顆粒。這些例子表明,不同的細胞類型可以以不同的效率進行編輯,其中一些足以改善小鼠模型的疾病病理學。然而,這些遞送方法嚴重依賴奈米顆粒的最佳化和製造,這可能限制它們的治療應用。或者,細胞滲透性 Cas9 RNP 可以為體外和體內基因組編輯提供更簡單、更廣泛適用的策略。具有穿透細胞膜能力的胜肽可用於賦予Cas9自我遞送能力。先前的工作表明,與多個帶正電荷的核定位序列(SV40 NLS)融合的 Cas9 RNP 能夠自我遞送至小鼠神經元,用於基因組編輯目的。最近的研究表明,合成設計的內體溶解胜肽可以有效促進 Cas9 RNP 以非共價方式在體外遞送至原代細胞。因此,我們假設 Cas9 和高功能 CPP(细胞穿透肽 ) 的基因融合工程將幫助我們建立具有(靶向)自我傳遞能力的強大 RNP,特別是對於體內基因組編輯。

在這裡,我們描述了細胞滲透性 CRISPR RNP 的開發,用於在體外遞送至神經祖細胞和體內神經元。對與不同細胞穿透胜肽(CPP)融合的 Cas9 進行篩選和系統工程鑑定出一種能夠有效自我傳遞和基因組編輯的有效構建體。使用這種自我傳遞方法來編輯小鼠大腦中的臨床相關基因,證明了該方法在治療中樞神經系統遺傳性疾病方面的潛在用途。

貢獻

與其他遞送方法相比,用於體外和體內基因組編輯的 CRISPR 核糖核蛋白 (RNP) 遞送具有重要優勢,包括減少脫靶和免疫原性效應。然而,由於效率低和細胞毒性,RNP 的有效遞送在某些細胞類型中仍然具有挑戰性。為了解決這些問題,我們設計了可自我交付的 RNP,它可以促進有效的細胞攝取並進行強大的基因組編輯,而無需輔助材料或生物分子。篩選與 CRISPR-Cas9 蛋白融合的細胞穿透胜肽 (CPP),鑑定出能夠對神經祖細胞進行有效基因組編輯的有效構建體。這些融合蛋白的進一步工程化建立了 C 端 Cas9 與三個 A22p 拷貝的融合,A22p 是一種源自人類 semaphorin-3a 的胜肽,與其他構建體相比,其顯示出顯著改善的編輯功效。我們發現,當直接注射到小鼠紋狀體時,可自我傳遞的 Cas9 RNP 會在臨床相關基因中產生強大的基因組編輯。整體而言,可自我傳遞的 Cas9 蛋白為體外和體內基因組編輯提供了一個簡單有效的平台。



2024年3月2日 星期六

韓國2023醫師國考初探

2023醫學概論3

1.一名48歲男性因咳嗽、痰多、發燒5天來院就診。 他有25包-年的吸菸史,據說一個月前因生意失敗而酗酒。 血壓130/90mmHg,脈搏88次/分,呼吸22次/分,體溫38.0℃。 胸部聽診,心音和呼吸音正常。 這是胸部X光影像(照片1)和胸部電腦斷層掃描照片(照片2)。 血液檢查結果如下。 怎麼樣治療? <資料(私人)>

血紅素 14.5 克/分升

白血球12,000/mm³(嗜中性球93%,淋巴球4%)

血小板 150,000/mm³

C反應蛋白40mg/L(參考值,<10)

血中尿素氮/肌酸酐 25/1.1 mg/dL

①頭孢噻肟cefotaxime+克林黴素clindamycin

② 環丙沙星+乙胺丁醇

③強力黴素+慶大霉素

④ 萬古黴素+ 阿奇黴素

⑤ 阿奇黴素+ 甲硝唑 

Ans:1

COPD AE首選第三代cephalosporin (如ceftriaxone或cefotaxime)。加上clindamycin應是有肺膿瘍的跡象,但韓國醫學國考題並不提供影像,故無從得知。



2024年2月29日 星期四

日文與韓文的分詞工具

 CoreNLP 之中似乎沒有針對日文與韓文的套件,比較接近的是同一團隊開發的 Stanza 

日文的相對應工具,最知名的是 MeCab: Yet Another Part-of-Speech and Morphological Analyzer  , https://github.com/taku910/mecab

韓文的對應工具則有 hyunwoongko/pecab: Pecab: Pure python Korean morpheme analyzer based on Mecab , bab2min/kiwipiepy: Python API for Kiwi , 及 konlpy/konlpy: Python package for Korean natural language processing. 等等,其它可參考 korean-nlp · GitHub Topics

韓文得益於使用空白分割語句,在分詞上有較好的效果。


譯自英文-MeCab是一個開源文本分割庫,用於使用最初由奈良科技學院開發的日語編寫的文本,目前由Taku Kudou維護,作為其Google Japanese Input項目工作的一部分。該名稱源於開發商最喜歡的食物mekabu,這是一種用裙帶菜葉子製成的日本料理。 from 维基百科(英文)


2024年1月30日 星期二

基因療法的進展可望治療遺傳性聽力損失

下文主要參考 舒易来团队综述遗传性耳聋基因治疗的进展、前景及挑战

簡單來說,基因療法治療先天性疾病,又邁出一小步

針對遺傳性耳聾的基因治療,已有包括美國兩家醫藥公司-Akouos和Decibel Therapeutics,及中國舒易來(Yilai Shu)團隊計畫在內的3項針對OTOF基因突變治療的臨床試驗正在進行中。

基因替代療法是最常見的基因療法,已被廣泛用於治療隱性遺傳性耳聾。自2012年在Vglut3敲除小鼠模型中報告了首例有效的遺傳性耳聾基因替代治療研究以來,大量遺傳性耳聾的基因替代治療研究相繼湧現。其中研究較多的基因替代治療標靶包括TMC1、USH相關基因、OTOF等。針對這些靶點,遞送順利與否也成了基因治療成功的關鍵。





2023年9月2日 星期六

半臉老化症 unilateral dermatoheliosis

 參 https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/nejmicm1104059

患者男性69 歲。臉部左側皮膚呈現漸進性,無症狀增厚及皺褶,病史25 年。理學檢查發現過度角化合併重複性脊皺,群發性黑頭粉刺,局部結節性彈性組織變性。組織病理學分析顯示真皮處有促進彈性組織解離物質積累,毛囊處有粟丘疹形成。檢查結果與光損傷皮膚(皮膚光老化)Favre–Racouchot 症候群相吻合。患者擔任貨車司機28 年。紫外線A (UVA) 穿過玻璃輻射表皮及上層真皮。慢性UVA 暴露可導致表皮及角質層肥厚化,伴隨彈性纖維的變性。UVA 的光老化效應與光致癌效應相對應。紫外線B (UVB) 暴露可導致光致癌機率上升,而UVA 可誘導DNA 物質突變並對其產生直接毒性,最終導致皮膚癌。建議對該患者進行必要的防曬,局部類視黃醇補充及皮膚癌定期監測。

防曬的重點根本不是為了怕曬黑,而是怕光老化、怕曬久了皮膚會病變,如果好好做防曬可以讓皮膚白一點,那只是附帶得到的好處而已,預防皮膚病變才是每天要大費周章防曬的真正理由。

不過,就算能做到完全不做傷害皮膚的事,也只是預防外因導致的衰老,對皮膚已經出現的自然老化、光老化,除了去做醫美,日常就沒有什麼辦法能補救嗎?

A醇又叫全反式視黃醇或全反式維A醇,一般就簡稱為視黃醇或A醇,這個抗老家族裡還有A酸、A酯、 A 醛,但最終都要在皮膚內轉化為A酸來起作用。

A酸改善紫外線導致的光老化效果明顯,目前,被FDA 批准可用於治療光老化的就是0.02% 的A酸。為什麼不直接用A酸?因為它太過刺激,不是所有人都能耐受,目前只作為處方藥用於治療痤瘡、毛周角化、光老化。

而A醇不僅可以通過轉化成A酸起作用,近年研究還認為A醇還能直接激活皮膚中的A酸受體達到抗老的功效,而A醇到A酸的轉化,也大大降低了A醇的刺激性。

A醇會增加皮膚的光敏性,因此,建議放在晚上使用,白天也要做好防曬。

雖然比起A酸刺激性已經小了很多,但A醇仍然有一定的刺激性。使用時一定要從低濃度(0.1%-0.3%)的產品開始,小劑量(正常用量減半、減少使用頻次)進行嘗試,循序漸進慢慢調整增加用量、使用頻次直到可以正常使用為止。

如果使用過程中出現刺痛、發紅、脫皮等症狀,可以維持當前使用劑量,增加一些修復類的產品緩解不適,等皮膚完全恢復後再繼續增加用量。但如果你第一次使用就出現不適,最好停用,待皮膚恢復後,換用更低濃度的產品。



2023年7月27日 星期四

Selenium 的 chrome driver 又出現 breaking change

 參 https://developer.chrome.com/blog/chrome-for-testing/ 及 https://github.com/SergeyPirogov/webdriver_manager/issues/536

簡言之就是安裝 chrome-for-testing ,在建構 driver 物件時指向目錄下的 chrome.exe

突然多一個小時 debug 然後處理這種鳥事實在很煩,真是莫名~~

而且過程不是很單純,首要要看抓下來的 driver 版本對不對,不對的話要調整(通常是降版)

以降版為例,win10非專業版要想版法叫出 gpedit (參 教學|Win10/Win11 家用版開啟本機群組原則編輯器(gpedit.msc) | 阿德說科技 (adersaytech.com) )

再來暫時關掉 chrome 的自動更新 (參 https://support.google.com/chrome/a/answer/6350036?sjid=2956888277725785691-AP&visit_id=638260382937341523-514623359&rd=1#zippy=%2Cget-the-google-update-policy-template)

最後抓回對應的 msi 檔,在 cmd.exe 下達

msiexec /i GoogleChromeStandaloneEnterprise64.msi ALLOWDOWNGRADE=1



2023年6月22日 星期四

win10電腦無法給airpods pro充電盒充電

 解決方法參 win10电脑无法给airpods pro充电… - Apple 社区 

簡單來說就是 airpods 被當成裝置了,沒有進行充電。解除安裝後就可進行充電