2015年1月17日 星期六

emacs的新版本24.4與舊版本24.3的共存與平行測試

這次新版隔了超過一年半,剛安裝後發現不少不相容的情況。由於emacs不少"預設"的作法,讓抓錯變得有點複雜。其中比較特別的,是"HOME"這個目錄。參考以下連結

http://www.gnu.org/software/emacs/manual/html_node/emacs/Windows-HOME.html

home想當然耳是跟登入的帳號綁在一起的,因此同一個登入帳號要用到兩個環境,必需要動點手腳,以暫時改變環境變數。兩種方法如下,分別是改變捷徑字串,或以 bat / cmd 檔啟動程式;個人偏好前者,因為可以少打一些字,但屢試不成…。參考以下連結:

http://www.labs64.com/blog/2012/06/set-environment-variables-in-windows-shortcut/

http://stackoverflow.com/questions/3036325/can-i-set-an-environment-variable-for-an-application-using-a-shortcut-in-windows

我自己寫的 emacs.cmd 的內容如下
@echo off
SETLOCAL
set HOME=C:\Users\emacs244\
start "" "C:\Program Files\emacs-24.4\bin\runemacs.exe"

2015年1月11日 星期日

emacs的elpa更新套件的方法

http://stackoverflow.com/questions/14836958/updating-packages-in-emacs

簡單來說,就是 M-x package-list-packages 後 U x

2015年1月10日 星期六

ubuntu上把/home掛在獨立partition的好處,及操作步驟

https://help.ubuntu.com/community/Partitioning/Home/Moving

CRISPR/Cas9 系統介紹

http://www.wethinkbio.com/#!c-crispr/c6c6

這應該是目前最update的中文介紹了

http://blog.sina.com.cn/s/blog_12d8810790101ho5s.html

這篇比較用說故事的方式寫的,來龍去脈交待得比較有趣,當然有些資訊是稍舊了點

http://www.njfish.cn/seo/sqkcas9jishutedian/

著重應用面的介紹

http://bioforum.tw/modules/tadnews/index.php?nsn=982

這篇點出了生物資訊學 (bioinformatics) 在cas9研究中的角色

http://news.bioon.com/article/6663364.html

最新的消息是,發明者們似乎拆夥了

2015年1月8日 星期四

癌症治療的前景

目前癌症治療的主要手段包括外科手術、放療及化療,不過顯然還有許多需要改進的空間,因為癌症仍然高居死亡原因的前幾名。嚴格來說這些手段都還稱不上是"治療",只能說是依據目前對生理學和病理學的了解,使用物理或化學方法,外加使細胞死亡的動因,並沒有使細胞受到治療。這整套系統由基礎醫學研究轉譯到臨床治療,不管是不是針對癌症或其它病理現象,所花費的資源,是人類歷史上少見的巨大規模,所花費的時間,動輒一、二十年。然而,隨著細胞生理學及其它對應科技的進展,這樣的情況有可能很快有一番全新的風貌。

DNA承載了人類等所有生物的生命藍圖,在細胞生理的層次,它控制了所有的新陳代謝,結合神經、內分泌所帶來的訊號,調控細胞內外的生化反應。由於DNA是遺傳而來,在出生後無法變動,而且內含的資訊總量是有限的,無法包山包海,因此由細胞本身執行的修復,是有預設的幾套劇本,以應付常見的、局部的傷害。但是以癌症來說,什麼情況下細胞應該進行修復?無法修復時,如何啟動凋亡機制?將細胞或甚至人體當成一個圖靈機,恐怕也寫不出能塞得進一套DNA的邏輯來處理這兩個問題。crispr / cas9 的最新研究有希望在DNA的等級進行修復--如果你知道發生了什麼變異的話;所以知道發生"什麼情況"或許才是最困難的,接下來才能依此作出修復或啟動凋亡的決策。

要檢測DNA的變異,最萬全的情況當然是對所有細胞的整個基因組"定序",不過很遺憾的是目前的所有定序都必需在體外進行,並且會破壞細胞。目前流行的方式是對細胞變異或受傷害後所會產生的物質作檢測,也就是所謂的癌症標記(marker)。但不管如何,情況都遠超過細胞本身預設的"劇本"所能處理,因此顯然目前各種健康檢查都想從各個方向來突破這個困境。

修復的困難在於,目前還未有方法能在活體上精確的"manipulate"細胞的DNA,而crispr / cas9 看起來像是一個可能的答案;更好的消息是,這個技術似乎也可以用來進行對細胞內RNA進行調控。病理情況的極端是肢體或器官的缺損,目前最好的策略可能是將人體的體細胞取出,還原為幹細胞之後,複製並分化出所需的部位,然後以外科手術方式植入或替換。

無論如何,把單一細胞或組織看成一個"圖靈機"的話,那麼它們預設的"劇本",是不可能涵蓋所有可能情況的,因此外界的介入幾乎是必要的,但何時、如何介入呢?從自動控制的觀點來看,我們要有感測器,要有致動器,要有辦法把資訊導出到控制器,並將決策導入給致動器。感測器和致動器可能必需要以奈米的尺度製作,才有辦法適當的執行工作,相信這也是近年來所謂"自組裝"技術開始熱門的原因之一。感測和致動極可能必需要在生化層次上與細胞環境互動,而資訊的導出和導入,很可能必需要以無線電波方式傳遞,有機分子是否有機會能以自組裝的方式發展出微電子電路對應的通訊功能呢?其實現的尺度是否能在細胞尺度附近呢?控制器必需交由體外來實現,這應該是沒什麼疑問了,計算是高度秏能的活動,放在體內其實是沒有什麼意義的。儘管目前已經有少數的所謂"生物電腦"、"DNA運算"、"肽運算"等有機圖靈機的實現,但是如果沒有辦法與外界交換資訊的話,這些實現所做的決策頂多是局部最佳解,不會是整體的最佳解。

2014年12月25日 星期四

windows上沒有find...xargs,現在有替代方案forfiles

http://expertland.net/question/1972521h1f183z6191n2z81921sa3234q52392w/detail.html

但是 -e 參數後好像只能加 regular expression 的樣子,一般指令可能還要再 survey 一下

2014年12月1日 星期一

撰寫英文研究論文,可以先瞧瞧這幾本書,看看怎麼寫


1.英文科學論文寫作

文字說明詳細,來龍去介紹清楚,不愧是連載於日文報紙的專欄文章

2.超水準論文寫作指南 

詳細介紹論文的各組成要件,並提供模板,是完全不知如何下手時,一根救命稻草

3.21世紀醫學英文論文寫作範例

大小像口袋書一樣,適合想要快速了解寫作概念又沒什麼時間的人

4.英語論文寫作技巧

關鍵字、詞的歸納整理,是很好的工具書,大概論文中會出現的邏輯架構都可以在本書找到

5.英文研究論文寫作 : 段落指引 & 英文研究論文寫作關鍵句指引

這兩本書嚴格來說是句型的歸納整理,可以當作工具書來使用


6.科技英文寫作:「啟」「承」「轉」「合」邏輯四要素

這本書有點像是在講作文和文法,嚴格來說對論文的格式介紹不如前幾本詳盡

7.撰寫一篇專業.漂亮的ENGLISH科技文章

這本書是利用期刊中的詞頻對文法作條列式的重點整理

8.科學論文之英文寫作與範例解析

作者文筆很好,主要是以範例說明寫作方法